Днк-типирование микроорганизмов. Идентификация, сравнение образцов, типирование Днк типирование

ДНК-ТИПИ́РОВАНИЕ

Днк-типирование микроорганизмов. Идентификация, сравнение образцов, типирование Днк типирование

Авторы: П. Л. Иванов

ДНК-ТИПИ́РОВАНИЕ (мо­ле­ку­ляр­но-ге­не­ти­че­ская ин­ди­ви­дуа­ли­за­ция ор­га­низ­мов, ДНК-ин­ди­ви­дуа­ли­за­ция), спо­соб ис­сле­до­ва­ния ге­не­тич.

ма­те­риа­ла, на­прав­лен­ный на вы­яв­ле­ние и оцен­ку ин­ди­ви­ду­аль­ных ге­не­тич. осо­бен­но­стей био­ло­гич. объ­ек­та.

Цель та­ко­го ис­сле­до­ва­ния – ус­та­нов­ле­ние сход­ст­ва (или раз­ли­чий) раз­ных ор­га­низ­мов для оп­ре­де­ле­ния сте­пе­ни их род­ст­ва.

Ме­тод ДНК-т. ос­но­ван на су­ще­ст­во­ва­нии раз­ли­чий в струк­ту­ре ДНК у раз­ных ин­ди­ви­дуу­мов. Это ка­са­ет­ся т. н. ги­пер­ва­риа­бель­ных уча­ст­ков, об­ла­даю­щих струк­тур­ным по­ли­мор­физ­мом (име­ют неск. ал­лель­ных форм). В их фор­ми­ро­ва­нии гл. роль иг­ра­ют от­но­си­тель­но ко­рот­кие нук­лео­тид­ные по­сле­до­ва­тель­но­сти, по­лу­чив­шие назв.

ми­ни­са­тел­лит­ные и мик­ро­са­тел­лит­ные ДНК, со­стоя­щие со­от­вет­ст­вен­но из 15–70 и 2–5 пар нук­лео­ти­дов. Эти по­сле­до­ва­тель­но­сти рас­сея­ны по ге­но­му в ви­де бло­ков (ло­ку­сов) и име­ют тан­дем­ную ор­га­ни­за­цию (мно­го­крат­но сле­ду­ют друг за дру­гом).

Чис­ло тан­дем­ных по­вто­ров (и, сле­до­ва­тель­но, дли­на са­мих ло­ку­сов) варь­и­ру­ет в пре­де­лах от 2–4 до не­сколь­ких ты­сяч.

На­ли­чие по­вто­ряю­щих­ся эле­мен­тов в та­ких го­мо­ло­гич­ных са­тел­лит­ных бло­ках и обу­слов­ли­ва­ет струк­тур­ный по­ли­мор­физм этих ло­ку­сов, про­яв­ляю­щий­ся, в ча­ст­но­сти, как фе­но­мен по­ли­мор­физ­ма дли­ны ре­ст­рик­таз­ных фраг­мен­тов (ПДРФ).

Та­кие фраг­мен­ты об­ра­зу­ют­ся по­сле фер­мен­та­тив­но­го рас­ще­п­ле­ния ДНК ре­ст­рик­та­за­ми (внут­ри по­вто­ров рас­ще­п­ле­ния не про­ис­хо­дит из-за осо­бен­но­стей их нук­лео­тид­но­го со­ста­ва). В пер­во­на­чаль­ных ва­ри­ан­тах ДНК-т.

фраг­мен­ты ДНК раз­де­ля­ли элек­тро­фо­ре­зом в ага­роз­ном ге­ле, а за­тем по­лу­ча­ли от­пе­ча­ток это­го ге­ля на мем­бран­ном фильт­ре. По­след­ний ин­ку­би­ро­ва­ли в рас­тво­ре, со­дер­жа­щем спе­ци­аль­но по­доб­ран­ные зон­ды – фраг­мен­ты ДНК, ме­чен­ные ра­дио­изо­то­пом.

Со­дер­жа­щие ком­пле­мен­тар­ные зон­ду уча­ст­ки ис­сле­дуе­мой ДНК свя­зы­ва­лись (гиб­ри­ди­зо­ва­лись) с ним и вы­яв­ля­лись с по­мо­щью ра­дио­ав­то­гра­фии. Т. о. на ра­дио­чув­ст­ви­тель­ной плён­ке в ви­де на­бо­ра по­лос иден­ти­фи­ци­ро­ва­лись сра­зу все мик­ро- и ми­ни­са­тел­ли­ты ге­ном­ной ДНК, го­мо­ло­гич­ные ис­поль­зуе­мо­му зон­ду.

По ана­ло­гии с ана­ли­зом дак­ти­ло­ско­пич. от­тис­ка (ри­сун­ком па­пил­ляр­ных ли­ний) поя­вил­ся тер­мин «ге­не­ти­че­ская, или ге­ном­ная, дак­ти­ло­ско­пия». Ка­ж­дый ин­ди­ви­ду­ум име­ет свой ге­ном­ный «от­пе­ча­ток», ко­то­рый ха­рак­те­ри­зу­ет­ся оп­ре­де­лён­ным чис­лом по­лос (до не­сколь­ких де­сят­ков), их рас­по­ло­же­ни­ем на до­рож­ке и ин­тен­сив­но­стью по­чер­не­ния ка­ж­дой из по­лос. Чем боль­ше род­ст­во, тем боль­ше сов­па­де­ний. Вся кар­ти­на об­на­ру­жи­ва­ет да­же бо­лее вы­со­кую ин­ди­ви­ду­аль­ную спе­ци­фич­ность, чем па­пил­ляр­ные узо­ры, и по­это­му мо­жет слу­жить «ге­не­тич. удо­сто­ве­ре­ни­ем» лич­но­сти. У кров­ных род­ст­вен­ни­ков чис­ло со­в­па­даю­щих по­лос за­мет­но боль­ше, у близ­не­цов они иден­тич­ны.

Раз­ра­бот­ка ме­то­да (кон. 1980-х гг.) по­ли­ме­раз­ной цеп­ной ре­ак­ции (ПЦР) по­зво­ли­ла раз­мно­жать (ам­пли­фи­ци­ро­вать) лю­бую по­сле­до­ва­тель­ность ДНК, по­лу­чать де­сят­ки и сот­ни мил­лио­нов её ко­пий и ис­поль­зо­вать для мо­ле­ку­ляр­но-ге­не­тич.

ана­ли­за ис­че­заю­ще ма­лые ко­ли­че­ст­ва био­ло­гич. ма­те­риа­ла. По­яви­лась воз­мож­ность срав­ни­вать дли­ну отд. це­лых ло­ку­сов ми­ни­са­тел­лит­ных ДНК, не под­вер­гая их пред­ва­ри­тель­но­му фер­мен­та­тив­но­му рас­щеп­ле­нию, т. е.

осу­ще­ст­в­лять ана­лиз по­ли­мор­физ­ма дли­ны ам­пли­фи­ци­ро­ван­ных фраг­мен­тов (ПДАФ). По­сле раз­де­ле­ния про­дук­тов ПЦР элек­тро­фо­ре­зом их по­ло­же­ние в ге­ле вы­яв­ля­ют с по­мо­щью спец. кра­си­те­лей, флуо­рес­цент­ных ме­ток и др. Раз­ра­бо­та­ны так­же т. н.

муль­ти­плекс­ные ам­пли­фи­ка­ци­он­ные сис­те­мы, ко­то­рые по­зво­ля­ют од­но­вре­мен­но ана­ли­зи­ро­вать ПДАФ сра­зу не­сколь­ких ло­ку­сов (их мо­жет быть бо­лее де­ся­ти).

В этом слу­чае ам­пли­фи­ка­ци­он­ный про­филь ДНК, соз­да­вае­мый уже сум­мой ло­ку­сов, ока­зы­ва­ет­ся чрез­вы­чай­но по­ли­морф­ным (яв­ля­ет­ся ком­би­на­ци­ей не­сколь­ких не­за­ви­си­мых по­ли­морф­ных эле­мен­тов), но обес­пе­чи­ва­ет очень вы­со­кую дос­то­вер­ность ана­ли­за.

Ва­риа­бель­ность в струк­ту­ре по­ли­морф­ных ге­нов ми­ни- и мик­ро­са­тел­лит­ных ДНК мо­жет быть обу­слов­ле­на так­же то­чеч­ны­ми нук­лео­тид­ны­ми за­ме­на­ми. Та­кие ло­ку­сы раз­ли­ча­ют­ся толь­ко по нук­лео­тид­но­му со­ста­ву. В этом слу­чае оп­ре­де­ля­ют пер­вич­ную струк­ту­ру ам­пли­фи­ци­ро­ван­ных фраг­мен­тов (см. Се­к­ве­ни­ро­ва­ние).

Наи­бо­лее раз­ра­бо­тан­ным ме­то­дом ДНК-т.

, ос­но­ван­ным на се­к­ве­ни­ро­ва­нии фраг­мен­тов, яв­ля­ет­ся ана­лиз ми­то­хон­д­ри­аль­ной ДНК (мтДНК), ко­то­рая ха­рак­те­ри­зу­ет­ся вы­со­ким уров­нем по­ли­мор­физ­ма, на­ли­чи­ем боль­шо­го чис­ла ко­пий, от­сут­ст­ви­ем ре­ком­би­на­ции и ма­те­рин­ским ха­рак­те­ром на­сле­до­ва­ния (за­ро­дыш по­лу­ча­ет ми­то­хон­д­рии толь­ко из яй­це­клет­ки).

Всё это по­зво­ли­ло ши­ро­ко ис­поль­зо­вать мтДНК в по­пу­ля­цион­ных и фи­ло­ге­не­тич. ис­сле­до­ва­ни­ях, а в не­ко­то­рых слу­ча­ях сде­ла­ло её един­ст­вен­но воз­мож­ным ин­ст­ру­мен­том для ДНК-т.; напр., ко­гда ДНК, со­дер­жа­щая­ся в об­раз­це, силь­но де­гра­диро­ва­на, а хро­мо­сом­ная ДНК не мо­жет быть ам­пли­фи­ци­ро­ва­на.

На­сле­до­ва­ние по ма­те­рин­ской ли­нии и от­сут­ст­вие ре­ком­би­на­ции по­зво­ля­ют ис­поль­зо­вать мтДНК в ка­че­ст­ве т. н. «трас­си­рую­ще­го» ро­до­слов­но­го ге­не­тич. мар­ке­ра. Это осо­бен­но важ­но при ус­та­нов­ле­нии род­ст­ва в тех слу­ча­ях, ко­гда ге­не­тич.

дис­тан­ция, раз­де­ляю­щая род­ст­вен­ни­ков, ока­зы­ва­ет­ся боль­ше, чем од­но по­ко­ле­ние. Яр­ким при­ме­ром ис­поль­зо­ва­ния мтДНК для ДНК-т. яви­лась ра­бо­та рос., брит. и амер. учё­ных по иден­тифи­ка­ции ос­тан­ков рос. имп. се­мьи в 1992–98. Позд­нее ана­лиз мтДНК был мно­го­крат­но ис­поль­зо­ван для ин­ди­ви­дуа­ли­за­ции ко­ст­ных и му­ми­фи­цир. ос­тан­ков, воз­раст ко­то­рых ис­чис­ля­ет­ся де­сят­ка­ми, сот­ня­ми и да­же де­сят­ка­ми ты­сяч лет.

Ме­то­дом ДНК-т. поль­зу­ют­ся в кри­ми­на­ли­сти­ке для иден­ти­фи­ка­ции лич­но­сти и ус­та­нов­ле­ния родств. от­но­ше­ний, а так­же в ме­ди­ко-био­ло­гич. ана­ли­зе. В ге­не­ти­ке и се­лек­ции с.-х.

жи­вот­ных и рас­те­ний этот ме­тод ис­поль­зу­ют для пас­пор­ти­за­ции и от­бо­ра чис­то­по­род­но­го по­том­ст­ва жи­вот­ных, ти­пи­ро­ва­ния сор­тов рас­те­ний, оп­ре­де­ле­ния меж­ви­до­вых и меж­сор­то­вых раз­ли­чий, а в прак­тич.

бак­те­рио­ло­гии и эпи­де­мио­ло­гии – для иден­ти­фи­ка­ции бак­те­ри­аль­ных штам­мов. ДНК-т. мож­но ис­поль­зо­вать при изу­че­нии струк­тур­но-­функ­цио­наль­ных осо­бен­но­стей ге­не­тич.

ап­па­ра­та и яв­ле­ний ге­ном­ной не­ста­биль­но­сти при нор­маль­ном функ­цио­ни­ро­ва­нии кле­ток и па­то­ге­не­зе, в по­пуля­ци­он­ной и эво­лю­ци­он­ной ге­не­ти­ке.

Источник: https://bigenc.ru/biology/text/2629377

Идентификация, сравнение образцов, типирование

Днк-типирование микроорганизмов. Идентификация, сравнение образцов, типирование Днк типирование

Пункт прейскурантаИсследованиеЦенаСрок исполнения(дней)
Идентификация, сравнение образцов (маркеры аутосом, Y-хромосомы, митохондриальной ДНК)
20.3.2Сравнительный анализ двух образцов по маркерам Y-хромосомы12 60014
20.5Сравнительный анализ двух образцов по аутосомным маркерам. Стандартная панель – 15 локусов12 60014
29.6.1Сравнительный анализ двух образцов по аутосомным маркерам. Расширенная панель – 25 локусов18 00014
22.2Анализ дополнительного образца по аутосомным маркерам. Стандартная панель – 15 локусов4 50014
25.2Анализ дополнительного образца по аутосомным маркерам. Расширенная панель – 25 локусов6 40014
22.3Анализ дополнительного образца по маркерам Y-хромосомы4 50014
22.5Анализ дополнительного образца по маркерам митохондриальной ДНК4 50021
20.4.2Сравнительный анализ двух образцов по маркерам митохондриальной ДНК12 60021
Типирование (маркеры аутосом, X-хромосомы, Y-хромосомы, митохондриальный ДНК)
23.1Типирование одного образца по аутосомным маркерам. Стандартная панель – 15 локусов4 50014
25.3Типирование одного образца по аутосомным маркерам. Расширенная панель – 25 локусов6 40014
23.2Типирование одного образца по маркерам X-хромосомы4 50014
23.3Типирование одного образца по маркерам Y-хромосомы4 50014
23.4Типирование одного образца по маркерам митохондриальной ДНК4 50021
Выделение ДНК из биологического материала (кроме крови и буккального эпителия)
28.1Выделение ДНК из биологического материала (кроме крови и буккального эпителия) (1 образец.)6 00014

Нуклеотидная последовательность полного генома каждого человека уникальна. Это свойство может быть использовано для идентификации.

Однако, в настоящее время, секвенирование всего генома всё ещё представляет собой слишком дорогостоящую и длительную процедуру, чтобы его можно было рутинно использовать для целей идентификации человека. К счастью, не всё так плохо…

Индивидуализирующими характеристиками обладает не только полногеномная нуклеотидная последовательность ДНК человека, но и его генотип по определенному, достаточно большому количеству, высокополиморфных учасков (локусов) генома.

В настоящее время для идентификации человека почти повсеместно используются так называемые STR-локусы. Аббревиатура STR происходит от английского словосочетания Short Tandem Repeat – дословно: короткий тандемный повтор.

Локусы данного типа представляют собой цепочки, состоящие из небольших, длиной 2-6 нуклеотидов, одинаковых последовательностей (мономеров) или «повторов». Аллели данных локусов различаются между собой количеством этих повторов.

STR-локусы имеют следующие преимущества:

  • Большое количество аллелей, что способствует снижению вероятности случайных совпадений генотипов разных людей.
  • Большое количество известных STR-локусов и их относительно равномерное распределение по всем хромосомам человека.
  • Возможность с помощью современных методов проводить быстрое, точное и недорогое типирование образцов по данным локусам.

Международным стандартом de facto стала система CODIS (COmbined DNA Index System), состоящая из 13 аутосомных STR-локусов (D3S1358, THO1, D21S11, D18S51, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, vWA, D8S1179, TPOX, FGA). Локусы данной системы подобраны так, что частота любого генотипа по ним настолько мала, что на всей Земле не может быть двух человек, имеющих один и тот же генотип по совокупности локусов системы CODIS.

В современных лабораториях генотипирование проводится автоматически с помощью аппаратно-программных комплексов, что позволяет унифицировать процедуру типирования и практически исключить влияние человеческого фактора. 

На Рис. 1 показан пример представления результатов типирования человека аппаратно-программным комплексом 3130 Genetic Analyzer (фирма Applied Biosystems).

Типирование проводится по системе локусов AmpFlSTR Identifiler (фирма Applied Biosystems), содержащей все локусы системы CODIS, дополнительные STR-локусы D2S1338 и D19S433, а также локус AMELOGENIN, по которому устанавливается половая принадлежность образца.

Рис. 1. Представление результатов типирования человека аппаратно-программным комплексом 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems).

Полученный генетический профиль представляется в виде таблицы (Таблица 1):

Таблица 1. Пример представления результатов типирования человека (генотип соответствует представленному на Рис. 1).

ЛокусАллелиЛокусАллели
D8S11791014D2S13382323
D21S112930D5S8181213
D7S820910FGA2323
CSF1PO1011D19S4331415.2
D3S13581516vWA1516
THO199.3TPOX88
D13S317912D18S511417
D16S539912AMELOGENINXY

Зачем обычному человеку может понадобиться идентификационный анализ?

Могут возникнуть ситуации, когда необходимо установить происхождение биологического материала от конкретного человека. Это может понадобиться, например, для исключения ошибки в постановке диагноза при онкологических заболеваниях.

Довольно часто в наш Центр обращаются люди, которым был поставлен диагноз онкологического заболевания, с просьбой проверить, действительно ли их биологический материал был использован при гистологическом исследовании.

Нередко результаты идентификационного анализа говорят о том, что представленные гистологические образцы принадлежат не обратившемуся человеку, а другому лицу.

Люди, которые в силу своей профессиональной деятельности находятся в группе риска, наверняка захотят пройти генотипирование и получить свой уникальный генетический профиль.

Также возможны случаи, когда нужно провести молекулярно-генетическое исследование по установлению родства, но предполагаемые родственники живут в разных странах и не имеют возможности собраться вместе для проведения анализа.

Центр Молекулярной Генетики поможет Вам решить вышеупомянутые или аналогичные проблемы.

Мы проводим сравнительный генетический анализ образцов по системам маркеров аутосом (включая систему CODIS), Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, принятым в качестве международных стандартов.

Результаты анализов, проведенных в лаборатории нашего Центра, будут понятны специалистам и могут быть использованы в лабораториях всего мира.

Центр Молекулярной Генетики имеет лицензии как на осуществление специализированной медицинской помощи по: генетике, лабораторной генетике, так и на проведение судебно-медицинской генетической экспертизы.

Ниже рассмотрены типичные случаи проведения сравнительных генетических анализов и генотипирования.

Источник: http://www.dnalab.ru/kinship-testing/identification

Днк-типирование

Днк-типирование микроорганизмов. Идентификация, сравнение образцов, типирование Днк типирование

Результаты,полученные при исследовании структурыи организации геномной ДНК животных,растений и микроорганизмов, наложилиглубокий отпечаток на методологию ихсистематизации. Проблема адекватногоотнесения конкретного организма к тойили иной группе не является чистоакадемической.

Основанная на точныхкритериях систематика живых организмов,определяющая эволюционное родствомежду ними, помимо чисто теоретическогопредставляет и большой практическийинтерес.

В частности, знание источникаразличных штаммов патогенныхмикроорганизмов, вызывающих больничныеинфекции, позволило бы выработатьэффективные меры защиты против ихраспространения.

Недавно былиобнаружены генетические маркеры в видеспецифических последовательностейДНК, которые дают возможность выявлятьродственные отношения между особямиодного и того же вида путем внутри- имежпопуляционных исследований.

Такогорода исследования популяций человекаособенно важны с практической точкизрения.

В настоящее времямолекулярно-генетические методыпозволяют осуществлять идентификациюличности в судебно-медицинскихисследованиях, а также решать в спорныхслучаях проблему определения отцовства.

Генетическим,или ДНК-типированием,называют определение особенностейгенотипа организма путем анализа ДНКего генома. Иными словами, в процессеДНК-типирования определяют особенностипервичной структуры ДНК исследуемогоорганизма в конкретных генетическихлокусах.

Абсолютно консервативныхгенетических локусов, по-видимому, несуществует. Мутационные изменениягенома непрерывно накапливаются напротяжении филогенетического(исторического, эволюционного) развитиявида.

Но такого же рода изменениянеуклонно происходят в геномах отдельныхособей, принадлежащих одной или разнымпопуляциям.

Естественно, что проще всегообнаруживаются межвидовыеразличия впоследовательностях нуклеотидовисследуемых участков генома, посколькуэти различия, как правило, значительны,и именно они определяют эволюционноерасстояние между видами (ихдивергированность).

Такимобразом, у каждого вида организмовимеется большое число внутривидовыхразличий в первичной структуре ДНКотдельных генетических локусов.

Генетические локусы, выполняющие однуи ту же функцию (содержащие один и тотже ген или несколько генов), но различающиесяпо первичной структуре ДНК, называютполиморфными,а само явление существования в популяцииполиморфных локусов получило названиегенетическогополиморфизма.

Наиболее часто внастоящее время используют два способаДНК-типирования патогенных микроорганизмов,в основе которых лежит метод ПЦР.

Впервом случае используют один илинесколько коротких праймеров произвольнойпервичной структуры длиной в 6–15нуклеотидов, которые из-за своих малыхразмеров обладают низкой специфичностьюв отношении конкретных генетическихлокусов и способны гибридизоваться сомногими сайтами геномной ДНК.

Во второмслучае применяют специфическиеолигонуклеотидные праймеры длиной в20–27 нуклеотидов, последовательностикоторых фланкируют исследуемуюпоследовательность нуклеотидов вбактериальном геноме.

Рис. II.35. Схема ДНК-типированиямикроорганизмов с использованием ПЦРи праймеров произвольной структуры

а– штаммоспецифические различия,обусловленные разной локализациейучастков ДНК, взаимодействующих спраймерами.

В ДНК штаммов 2 и 3 отсутствуетучасток, который имеется в ДНК штамма1, что приводит к исчезновениюсоответствующей полосы продукта ПЦРна электрофореграмме;б– результатыамплификации ДНК, содержащей сайтысвязывания праймеров постояннойлокализации.

ДНК штаммов 2 и 3 содержатделеции разной длины между сайтамисвязывания праймеров. Альтернативно,ДНК штаммов 1 и 2 могут содержать вставки,отсутствующие у ДНК штамма 3. Это находитотражение в длинах продуктов ПЦР,разделяемых электрофорезом. А, Б – сайтысвязывания праймеров на ДНК

Генетическоетипирование микроорганизмов сиспользованием праймеров произвольнойпервичной структуры.Использованиекоротких олигонуклеотидных праймеровпроизвольной структуры основано натом, что в больших геномах для них имеютсямножественные сайты посадки, аследовательно, и инициации ПЦР. Чемкороче такие праймеры, тем большееколичество сайтов посадки для них должносуществовать.

Одним из ограниченийдальнейшего участия таких праймеров вПЦР будет расстояние между двумя сайтамипосадки для противоположно направленныхпраймеров. Чем длиннее ПЦР-продукт,который должен образовываться врезультате функционирования такихпраймеров, тем менее надежно работаетвся система типирования. На практикедлина образующихся с произвольнымипраймерами продуктов ПЦР находится впределах 0,2–2,0 т.

п.о.

Взависимости от локализации на ДНК местпосадки для пары коротких праймеровмогут образовываться два типа продуктовПЦР. В первом случае различия в длинахпродуктов ПЦР обусловлены присутствиемна ДНК типируемых микроорганизмовразного числа сайтов связывания дляодного или обоих праймеров (рис. II.35,а).

Во втором случае такие различияопределяются длинами сегментов ДНК(ампликонов),заключенных между парами мест посадкипраймеров при неизменном их числе вконкретных генетических локусах (см.рис. II.35,б).На практике могут одновременнореализовываться обе эти возможности.

Во время генетического типированияэукариот указанными методами иногдасразу функционируют до 100 ампликонов,тогда как у бактерий это число достигаетлишь 20.

Несмотря на то чтопри обсуждаемом подходе последовательностипраймеров выбираются произвольно,получаемая картина амплификации, какправило, является видо- и штаммоспецифичной.При этом количество сайтов связыванияна одной и той же ДНК для праймероводинаковой длины, но с разной первичнойструктурой может существенно варьировать.На рис. II.

35 показаны такие свойствадвадцати 10-нуклеотидных праймеров,испытанных на ДНК человека, бобов иS. aureus. Видно, что использованиепраймера AGGGGTCTTG, например, приводит камплификации 8 ампликонов в ДНК человека,3 ампликонов в ДНК соевых бобов и невыявляет ни одного ампликона в ДНКS.

 aureus, тогда как при использованиипраймера AATCGGGCTG удается обнаруживатьдо 40 ампликонов в ДНК человека и соевыхбобов и до 20 ампликонов в бактериальнойДНК.

Таким образом, при использованииобсуждаемого метода в ДНК-типированиисамым важным этапом является подборпраймеров или их комбинаций для наиболееэффективного определения принадлежностиорганизма к тому или иному виду, штаммуили линии.

Генетическоетипирование микроорганизмов сиспользованием геномных фингерпринтов.При другомподходе к генетическому типированию сиспользованием ПЦР исследуют полиморфизмконкретных локусов, для которых хотябы частично известна первичная структура.

Синтезируют специфические олигонуклеотидныепраймеры, сайты связывания которыхфланкируют исследуемую последовательностьДНК с длиной 1,5–2,5 т.п.о. После проведенияПЦР особенности первичной структурыпродуктов ПЦР определяют с помощьюрестрикционного анализа.

Положениесайтов рестрикции в анализируемойпоследовательности нуклеотидов можетиметь видо- или штаммоспецифическийхарактер и служить точным генетическиммаркером того или иного микроорганизма.

С помощью этогометода, который по своей сути являетсяразновидностью рассмотренного вышеспособа определения ПДРФ, идентифицируютблизкородственные, сходные по фенотипуштаммы возбудителей заболеваний,исследуют генетическую структурупопуляций микроорганизмов и механизмыих адаптивной изменчивости.

Источник: https://studfile.net/preview/5857530/page:162/

Поделиться:
Нет комментариев

    Добавить комментарий

    Ваш e-mail не будет опубликован. Все поля обязательны для заполнения.